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Accueil > Plateforme Protéomique

Bioinformatique

publié le , mis à jour le

La plate forme de protéomique possède de nombreux logiciels pour l’analyse des données de protéomique. Cela comprend les logiciels de traitement des spectres et chromatogrammes des appareils jusqu’aux solutions bioinformatiques des constructeurs.
La plate forme possède :
- un serveur DELL Power Edge R920 avec 4 processeurs Intel Xeon E7-4850v2 à 2,3GHz 12 coeurs, 512Go de RAM, 2 disques durs 1.6 To SSD SATA, 8 disques durs 1 To Nearline SAS 6 Gbps 7200 Tpm.
- Rack Dell NetShelter SX 24U.
- Mascot Server 2.5 et Mascot Daemon
- Mascot Distiller 2.5
- PEAKS 7.0 de Bioinformatics Solutions Inc
- Proteome Discoverer 2.1 de Thermo Scientific
- LC-Progenesis et Same Spot de NonLienar Dynamics
- Byonic
- Proteome deconvolution 4.0

Des solutions informatiques libres sont implémentées comme :
- MaxQuant et Perseus
- MSConvert
- MSDeconv
- MS Align +, TopPIC
...

Ces logiciels sont utilisés pour l’identification des protéines en bottom up, des modifications, la quantification (sans ou avec marquage), l’identification de glycosylation ou phosphorylation, l’analyse des protéines en TOP Down MSMS